A nivel administrativo, EYPE se construye en forma de asociación formado por jóvenes de 16 a 24 años aproximadamente que hayan sido seleccionados en las respectivas sesiones nacionales o que hayan mostrado interés por ingresar en la organización y así lo hayan hecho.

Está dirigido por una Junta Directiva (Board de EYP España) de seis miembros elegida democráticamente por la membresía en calidad de voto anualmente. Cada miembro cuenta con un número de asistentes. A la Junta habría que añadirle un cargo orgánico más: el Coordinador del Programa Understanding Europe. 

Actualmente, Ana Abou-Arraj Awad (Valencia, 2000) asume las competencias de presidenta desde agosto de 2020. Desde la fundación de la organización, ocho han sido los presidentes de EYP España encargados de representar al país en la red europea.